Karena Erasmus menguasai bahasa Yunani dan Latin, dia bisa membandingkan banyak terjemahan Alkitab bahasa Latin, seperti Vulgata Latin dengan naskah Yunani masa awal dari Kitab-Kitab Yunani Kristen, yang dikenal sebagai Perjanjian Baru. Dia akhirnya yakin bahwa pengetahuan Alkitab itu penting. Jadi, dia menyatakan bahwa Kitab Suci harus diterjemahkan ke bahasa sehari-hari.

Erasmus menyarankan perubahan dalam Gereja Katolik. Dia percaya bahwa Kekristenan harus menjadi jalan hidup, bukan sekadar ritual. Akibatnya, saat para reformis mulai melakukan aksi protes dan menuntut perubahan dalam Gereja Roma, Erasmus dicurigai oleh Gereja Katolik.

Dalam tulisannya, Erasmus menyindir keburukan pemimpin agama, gaya hidup mewah mereka, dan ambisi para paus yang mendukung peperangan. Dia menentang para pemimpin agama jahat yang menjadikan kebiasaan gereja seperti pengakuan dosa, penyembahan santo, puasa, dan ziarah untuk memperdaya jemaatnya. Dia juga menentang tindakan gereja seperti menjual surat pengampunan dosa dan melarang pemimpin agama mereka menikah.

Pada 1516, Erasmus menerbitkan karya pertamanya dari Perjanjian Baru bahasa Yunani, yaitu terjemahan pertama yang pernah diterbitkan dari Kitab-Kitab Yunani Kristen. Karya Erasmus ini disertai catatan tambahan, termasuk Kitab-Kitab Yunani Kristen yang dia terjemahkan ke bahasa Latin yang berbeda dengan Vulgata. Belakangan, dia mulai merevisi terjemahannya sehingga dihasilkanlah terjemahan yang sangat berbeda dengan teks Vulgata Latin.

Salah satu perbedaannya ada di 1 Yohanes 5:7. Demi ajaran Tritunggal yang tidak sesuai Alkitab, kata-kata palsu yang disebut comma Johanneum ditambahkan dalam Vulgata. Bunyinya, ”Di surga: Bapak, Firman, dan Roh Kudus; dan ketiganya adalah satu.” Tapi, Erasmus menghapus kata-kata itu di dua edisi pertamanya dari Perjanjian Baru karena dalam banyak naskah Yunani yang dia rujuk, kata-kata ini tidak ada. Belakangan, gereja memaksanya untuk memasukkan kembali kata-kata ini di edisi ketiga.

Perjanjian Baru bahasa Yunani terjemahan Erasmus edisi revisi menyediakan dasar untuk terjemahan yang lebih baik dalam berbagai bahasa di Eropa. Martin Luther, William Tyndale, Antonio Brucioli, dan Francisco de Enzinas menggunakan edisi ini untuk menerjemahkan Kitab-Kitab Yunani ke bahasa Jerman, Inggris, Italia, dan Spanyol.

Erasmus hidup pada masa pergolakan agama, dan Perjanjian Baru bahasa Yunani terjemahannya dianggap bernilai oleh para Reformis Protestan. Erasmus dianggap sebagai reformis oleh beberapa orang, bahkan sebelum Reformasi itu sendiri terjadi. Saat itu, dia menolak untuk berpihak dalam perdebatan sengit agama yang belakangan terjadi. Menariknya, lebih dari 100 tahun lalu, seorang ahli bernama David Schaff menulis bahwa Erasmus ”mati tanpa diakui agama mana pun. Gereja Katolik tidak mengakui dia sebagai anggota, gereja Protestan pun tidak”.