Kuigi tolleks ajaks oli selle haiguse tekkepõhjuse kohta esitatud mitu teooriat, polnud keegi suutnud veel mõistatust lahendada. Kõik katsed suremust vähendada olid osutunud viljatuks. Olles tugevasti häiritud selle nägemisest, kuidas paljud emad piinarikka haiguse järel surid, võttis Semmelweis nõuks välja selgitada, mis seda haigust põhjustab, ning sellele piir panna.

Haiglal, kus Semmelweis töötas, oli kaks sünnituskliinikut. Hämmastaval kombel oli esimeses emade suremus tunduvalt suurem kui teises. Ainus erinevus nende kahe kliiniku vahel oli see, et ühes koolitati arstiteaduskonna üliõpilasi ja teises ämmaemandaid. Millest tulenes selline suur erinevus suremuses? Püüdes asjas selgust saada, välistas Semmelweis ükshaaval haiguse võimalikud tekkepõhjused, kuid tõele jälile ei jõudnud.

1847. aasta alguses leidis Semmelweis olulise juhtlõnga. Tema sõber ja kolleeg Jakob Kolletschka oli lahkamisel end vigastanud ja saadud vigastuse tagajärjel veremürgitusse surnud. Kui Semmelweis luges Kolletschka surnukeha lahangu protokolli, nägi ta, et lahanguleid oli paljuski samasugune kui lapsevoodipalaviku ohvritel. See viis Semmelweisi mõttele, et mingi laipadelt pärit  mürgine aine võis rasedaid nakatada ja põhjustada lapsevoodipalavikku. Arstid ja üliõpilased, kes sageli enne sünnitusosakonda minekut lahkamisi tegid, olid enda teadmata lapseootel naisi läbivaatuse või sünnituse ajal nakatanud. Teises osakonnas oli suremus väiksem sellepärast, et ämmaemandaks õppijad ei teinud lahkamisi.

Semmelweis kehtestas otsekohe range kätepesukorra, mis nägi ette, et enne rasedate läbivaatamist tuli käsi kloorlubjalahuses desinfitseerida. Tulemused olid rabavad: emade suremus langes 18,27 protsendilt aprillis 0,19 protsendile aasta lõpus.

Sugugi kõik ei tervitanud Semmelweisi läbimurret. Tema uurimistulemused seadsid kahtluse alla nende teooriate õigsuse, mida pooldas tema ülemus. Pealegi ärritas viimast Semmelweisi pealekäiv maneer. Semmelweis kaotas oma töökoha Viinis ja naasis Ungarisse. Ta sai Pestis asuva Saint Rochuse haigla sünnitusosakonna juhatajaks ning tänu tema meetoditele langes lapsevoodipalavikust tingitud suremus seal vähem kui 1 protsendile.

1861. aastal avaldas Semmelweis oma elutöö, raamatu „Die Ätiologie, der Begriff und die Prophylaxis des Kindbettfiebers” („Lapsevoodipalaviku etioloogia, mõiste ja profülaktika”). Paraku mõisteti tema avastuse tähtsust alles aastaid hiljem. Seni aga sai õnnetult otsa lugematul hulgal inimesi, kelle elu oleks olnud võimalik päästa.

Praegu tunnustatakse Semmelweisi kui üht nüüdisaegse antiseptika rajajat. Tema töö aitas jõuda arusaamiseni, et palja silmaga nähtamatu aine võib põhjustada haigestumist. Semmelweis etendas osa pisikuteooria väljaarendamises, mida on nimetatud tähtsaimaks panuseks meditsiiniteaduse ja arstiabi edendamisse. Väärib märkimist, et Moosese seaduses, mis sai hiljem Piibli osaks, olid juba üle 3000 aasta tagasi kirjas targad juhendid selle kohta, kuidas surnukehaga ümber käia.